계산 생물학

생물학 데이터와 시스템의 분석, 시각화 및 모델링

MathWorks^® 계산 생물학 제품은 생물정보학 및 시스템 약리학 응용 분야를 위한 다양한 분석 워크플로를 수행하는 툴을 제공합니다.

앱을 사용해서 혹은 명령줄에서 종단간 생물정보학 파이프라인을 구축하고 이러한 분석 워크플로를 로컬로 또는 클러스터 환경에서 실행합니다. 앱을 사용하여 통합된 NGS(차세대 염기서열 분석) 데이터를 보거나 탐색하고, 차별 발현 유전자나 특징을 식별하고, NGS 데이터에서 유전자 복제수 변이를 발견할 수 있습니다.

통합 앱을 사용하거나 명령줄에서 QSP(계량 시스템 약리학), PBPK(생리학 기반 약동학), PK/PD(약동학/약력학) 응용 사례를 위한 동적 모델을 만들고 분석합니다. 예를 들어, 병렬 시뮬레이션 및 파라미터 스캔을 실행하여 타깃 타당성을 평가하고 생물학적 변이를 특징지을 수 있습니다. 또한 국소 및 전역 민감도 분석을 사용하여 주요 파라미터를 식별하고 비선형 회귀 및 혼합효과 기법으로 모델 파라미터를 추정할 수도 있습니다. 그런 다음, 자동 생성된 리포트와 배포용 애플리케이션을 사용하여 작업과 모델을 공유합니다.

계산 생물학 관련 제품

Bioinformatics Toolbox

Read, analyze, and visualize genomic and proteomic data

SimBiology

Model, simulate, and analyze biological systems

도움말 항목

차세대 염기서열 분석

Count RNA-Seq Reads Using Biopipeline Designer (Bioinformatics Toolbox)
Create a bioinformatics pipeline to count RNA-Seq reads that are mapped to genomic features.
Visualize NGS Data Using Genomics Viewer App (Bioinformatics Toolbox)
View NGS alignment data for single nucleotide variation in cytochrome p450 gene.
Identifying Differentially Expressed Genes from RNA-Seq Data (Bioinformatics Toolbox)
Use a negative binomial model to test RNA-Seq data for differentially expressed genes.

계량 시스템 약리학

Incorporate SGLT2 Inhibition into Physiologically Based Glucose-Insulin Model Using SimBiology Model Builder (SimBiology)
Update a glucose-insulin model to integrate sodium-glucose co-transporter 2 (SGLT2) receptor inhibition by a hypothetical compound.
Find Important Parameters for Receptor Occupancy with Global Sensitivity Analysis Using SimBiology Model Analyzer (SimBiology)
Perform GSA analyses, such as Sobol indices, elementary effects, and multiparametric GSA, to find important model parameters in a target-mediated drug disposition model.
Explore Biological Variability with Virtual Patients Using SimBiology Model Analyzer (SimBiology)
Generate sample values for model parameters to represent virtual patients, simulate to explore tumor growth variability, and investigate the effects of dosing regimens on tumor size.

PBPK 및 PK/PD 모델링

Create Model of Receptor-Ligand Kinetics (SimBiology)
Create and simulate a simple receptor-ligand kinetics model using SimBiology apps.
Calculate NCA Parameters and Fit Model to PK/PD Data Using SimBiology Model Analyzer (SimBiology)
Calibrate model parameters by performing noncompartmental analysis and fitting to experimental PKPD data using nonlinear regression.
Model the Population Pharmacokinetics of Phenobarbital in Neonates (SimBiology)
Perform nonlinear mixed-effects modeling using clinical pharmacokinetic data.
Estimate the Bioavailability of a Drug (SimBiology)
Fit a model of absorption and excretion of the drug ondansetron to estimate its bioavailability.