Medical Image Analysis

Medical Image Analysis란?

Medical image analysis는 의료 영상에서 유의미한 정보를 추출하는 공정으로, 종종 전산적 방법을 사용합니다. Medical image analysis의 일부 작업으로는 2차원 영상과 3차원 볼륨의 시각화 및 탐색, 영상 데이터의 분할, 분류, 정합 및 3차원 복원 등이 있습니다. 이 분석을 위한 영상은 엑스레이(2차원 및 3차원), 초음파, CT(컴퓨터 단층촬영), MRI(자기공명영상), PET 및 SPECT(핵의학 영상), 현미경 등의 의료 영상 모달리티로부터 얻을 수 있습니다.

색으로 구분된 영역이 표시된 의료 영상 처리를 보여주는 PET 및 CT 스캔 융합 영상.

Medical Imaging Toolbox를 사용해 PET 및 CT에서 다중모달 의료 영상을 불러와 표시할 수 있습니다. (MATLAB 문서 보기.)

Medical image analysis는 현미경 영상 내 세포의 수를 세고 식별하는 작업을 수반할 수 있습니다. 예를 들어, 세포 내 악성 이상을 분석하고 검출할 수 있습니다. 반복적이거나 주관적인 작업의 경우 전산적 접근법을 사용해 medical image analysis를 자동화하거나 간소화하고 사람의 실수로 인한 불일관성을 제거할 수 있습니다. 전산 해석을 사용하면 괴사와 종양 조직을 구분하거나 혈관 내 산소 포화도를 측정할 수 있습니다.

Medical image analysis에 사용된 10개의 종양 조직 영상.

종양 조직의 원본 다중해상도 영상으로부터 생성된 10개의 고해상도 블록. MATLAB을 사용하여 메모리에 담기에 너무 큰 영상에 대해 블록 처리를 수행하고 이 데이터로 딥러닝 신경망을 훈련시킬 수 있습니다. (코드 보기.)

Medical image analysis 기법을 적용하면 MRI 영상에서 3차원 표현을 재구성하여 장기 기능과 기타 진단 측정값을 계산할 수 있습니다.

의료 영상 처리 시 다양한 색으로 영역에 레이블을 지정하여 분할한 모습을 보여주는 3차원 뇌 모델.

Medical Imaging Toolbox의 의료 영상 레이블 지정기 앱과 MONAI를 사용하면 뇌 MRI 스캔을 분할하고 분석할 수 있습니다. (코드 보기.)

Medical image analysis 알고리즘은 웨어러블 기기에서 수집한 디지털 건강 데이터와 같은 대용량의 데이터에 적용할 수 있습니다. 이 알고리즘을 사용하여 질병과 건강 위험을 관리하고 건강과 웰빙을 증진할 수 있습니다.

MATLAB을 사용한 Medical Image Analysis

MATLAB® 개발 환경에는 medical image analysis 알고리즘을 구축하기 위한 분석 및 데이터 액세스 기능이 내장되어 있습니다. MATLAB을 사용하면 다음과 같은 작업을 할 수 있습니다.

  • DICOM, NIfTI 및 NRRD 등 의료 파일 형식의 구문 분석, 불러오기, 시각화 및 처리
  • 2차원 영상과 3차원 볼륨의 시각화 및 탐색
  • 잡음 제거, 필터링 및 증강 등의 전처리 기법 사용
  • 변형 및 비변형 정합 함수와 앱을 사용해 여러 영상과 볼륨 정렬
  • 대규모 다중해상도 및 고해상도 영상 처리
  • 내장 영상 레이블 지정 및 분할 알고리즘과 앱으로 medical image analysis 작업 간소화
  • 딥러닝 신경망 구축, 수정 또는 전이

MATLAB에서는 의료 영상 레이블 지정기 앱을 사용해 2차원 영상과 3차원 볼륨을 탐색할 수 있습니다. 예를 들어, 인간의 뇌에 대한 MRI 연구를 의료 영상 레이블 지정기에 불러와 뇌를 시각화하고 개별 영역에 레이블을 지정한 후 이를 분할하고 이상이 있는지 분석할 수 있습니다.

3차원 분할을 사용한 뇌의 의료 영상 처리를 보여주는 소프트웨어 스크린샷.

Medical Imaging Toolbox의 의료 영상 레이블 지정기 앱에서 MONAI를 사용해 분할한 뇌의 3차원 볼륨 데이터. (코드 보기.)

디지털 병리에서는 전체 조직 슬라이드가 영상화 및 디지털화됩니다. 그 결과물인 WSI(전체 슬라이드 영상)는 해상도가 매우 높습니다. WSI 판독은 영상을 메모리에 불러올 수 없으며 외부 메모리 영상 처리 기법이 필요하기 때문에 까다로운 작업입니다. MATLAB의 bigimage 객체는 이 유형의 대규모 다중해상도 영상을 저장하고 처리할 수 있습니다. 영상을 불러오면 Cellpose와 같은 툴을 사용하여 세포를 분할할 수 있습니다.

종양 조직의 원본 영상 및 레이블이 지정된 영상을 사용하는 medical image analysis 기능을 보여주는 스크린샷.

Medical Imaging Toolbox를 통해 블록 처리를 수행하고 Cellpose를 사용해 종양 조직이 포함된 이 림프절 영상과 같은 영상을 분할할 수 있습니다. (코드 보기.)

MATLAB에는 정합을 위한 앱도 포함되어 있습니다. 예를 들어, 대화형 방식의 의료 정합 추정기 앱정합 추정기 앱을 사용하여 3차원 및 2차원 데이터를 각각 정렬할 수 있습니다.

다양한 볼륨 정렬 툴과 파라미터 설정을 사용한 의료 영상 처리를 위한 MATLAB 인터페이스.

Medical Imaging Toolbox의 의료 정합 추정기 앱을 사용한 여러 볼륨의 정렬. (코드 보기.)

MATLAB을 사용하면 딥러닝 방법을 사용해 2차원 영상 및 3차원 볼륨의 잡음을 제거하고 개선하며 분할할 수도 있습니다. 신경망을 설계하고 훈련시키거나 사전 훈련된 신경망을 사용할 수 있습니다.

의료 영상 처리를 사용하여 분할한 종양 조직을 보여주는 뇌 MRI.

MATLAB을 사용하여 뇌 조직에서 분할된 종양으로, ground truth(왼쪽)와 신경망 예측(오른쪽) 레이블이 지정되어 있습니다. (코드 보기.)


참조: 생명과학, 생명공학기술 및 제약, 의료기기, 영상 처리 및 컴퓨터 비전