John Linehan

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Create an Image Stack
This script can be used to take a 3D matrix and save it as an image stack (tiff).

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Movie/Image Registration
Register Movies

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Boundary Trace
Trace Objects of Interest in Time

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Diffusion in angles - Explore the surface area of a sphere
Simulate Diffusion on the surface of a hemisphere.

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Windowed MSD - Calculate time in each Diffusion Mode
Perform a windowed mean square displacement of trajectories, estimate diffusion coefficients, calculate the amount of time in th...

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