'location'プロパティを使って変更します。
open_system('vdp');
set_param(gcs,'location',[47 100 1015 633]);
'location'プロパティの引数の書式は
[X位置, Y位置, X方向サイズ, Y方向サイズ]
です。
また、Simulinkウィンドウのデフォルトサイズを変更する場合は、以下になります。
set_param(0,'location',[47 100 1015 633]);
※'location'は内部使用プロパティであり、将来は仕様が変更される可能性があります。