saving files after export with the same name as original file

hello!

I have several .asc files with different names. After filter this data I want to export each file to a .xlsx file and save each file with the same name as original .asc file. I'm not able to achive this last thing.

a sample of the different .asc file names:

6969_2020_11_23_0001_INT-17_filter

6969_2020_11_23_0002_T200-5_filter

I hope someone can help me with this issue. I attach the code.

Thanks a lot.

Kind regards,

close all
clear
clc
archivos=ls('*.asc'); %crea una lista con los archivos .asc

for i=1:length(archivos(:,1)) %bucle que recorra todos los archivos
    
%importo y selecciono los datos
estructura_datos=importdata(archivos(i,:));
datos=estructura_datos.data;

%ordeno por profundidad ascendente
ordenado_por_profundidad=sortrows(datos,1);

%localizar y eliminar datos erróneos
posicion_datos_erroneos=find(ordenado_por_profundidad(:,19)==-9.990e-29); %localiza flags erróneos
ordenado_por_profundidad(posicion_datos_erroneos,:)=[]; %elimina filas donde hay flag erróneo

%localizar y eliminar profundidad < 1m
posicion_menor_1m=find(ordenado_por_profundidad(:,1)<1); %localiza posiciones <1m
ordenado_por_profundidad(posicion_menor_1m,:)=[]; % elimina filas con profundidades <1 m

%sustituyo columnas de salinidad por las corregidas
ordenado_por_profundidad(:,[3 4 17 18])=ordenado_por_profundidad(:,[17 18 3 4]); %corrijo la salinidad
ordenado_por_profundidad(:,[13:15 17 18 19])=[]; %elimino columnas que no me interesan

%creo una tabla
Profundidad = ordenado_por_profundidad(:,1);
Temperatura = ordenado_por_profundidad(:,2);
Salinidad = ordenado_por_profundidad(:,3);
Sigma = ordenado_por_profundidad(:,4);
Clorofila = ordenado_por_profundidad(:,5);
Turbidez = ordenado_por_profundidad(:,6);
Ox = ordenado_por_profundidad(:,7);
Ox2 = ordenado_por_profundidad(:,8);
Cloi = ordenado_por_profundidad(:,9);
Par = ordenado_por_profundidad(:,10);
Ph = ordenado_por_profundidad(:,11);
Carb = ordenado_por_profundidad(:,12);
Tiempo = ordenado_por_profundidad(:,13);
Tabla=table(Profundidad,Temperatura,Salinidad,Sigma,Clorofila,Turbidez,Ox,Ox2,Cloi,Par,Ph,Carb,Tiempo);

%exporto los datos a formato excel
writetable(Tabla,['6969_2020_11_23_' num2str(i) '.xlsx'],'Sheet',1,'Range','A1');

end

[Matt Gaidica]

I'm actually not sure how ls is working here. If you use dir you will have the name of the file in a struct, then you can use strrep(files(i).name,'asc','xlsx')

[Cris LaPierre]

ls saves the folder oontents to a cell array. It does still work, but at least on my machine, you'd want to start the for loop at 3 since the first 2 entries were . and ..

Still, dir is the better choice.

[Stephen23]

"...you'd want to start the for loop at 3 since the first 2 entries were . and .."

Misleading advice. Better advice:

https://www.mathworks.com/matlabcentral/answers/345841-unexplained-error-on-dir#answer_271627

https://www.mathworks.com/matlabcentral/answers/21150-function-call#comment_46042

https://www.mathworks.com/matlabcentral/answers/394807-create-text-file-containing-list-of-file-names#comment_556641

https://www.mathworks.com/matlabcentral/answers/288815-gui-for-loop-not-working-correctly#answer_224956

https://www.mathworks.com/matlabcentral/answers/484430-using-struct-dir-selpath-what-do-and-mean-as-struct-name#answer_395754

https://www.mathworks.com/matlabcentral/answers/40949-omitting-pointers-when-listing-folder-contents#answer_50568

https://www.mathworks.com/matlabcentral/answers/13978-list-of-files-sorting#answer_19278

As Walter Roberson wrote in that last link: "In short: if your code assumes that '.' and '..' are the first two entries in a directory, your code has a bug (even in MS Windows). If your code assumes that directory entries are returned in any sorted order, your code has a bug (in all OS.)"

Answer 1

[Image Analyst]

Try this:

archivos = dir('*.asc'); %crea una lista con los archivos .asc
for k=1:length(archivos) %bucle que recorra todos los archivos
    inputFileName = fullfile(archivos(k).folder, archivos(k).name);
    % Output filename is the same except for a .xlsx extension instead of .asc.
    outputFileName = strrep(lower(inputFileName), '.asc', '.xlsx');
    % remainder of your code follows.
    % etc.
    %exporto los datos a formato excel
    writetable(Tabla, outputFileName, 'Sheet',1, 'Range','A1');
end

[Image Analyst]

Just read Matt's prior comment and noticed it's pretty much the same. Matt, put answers down here in the official Answers section so you can get reputation points for them.

[Image Analyst]

Why? This works. Unless you care about the capitalization, but I didn't think that was important.

If maintaining the same upper or lower case, character by character, is important, then you can use fileparts() like this:

archivos = dir('*.m'); %crea una lista con los archivos .asc
for k=1:length(archivos) %bucle que recorra todos los archivos
    inputFileName = fullfile(archivos(k).folder, archivos(k).name);
    % Output filename is the same except for a .xlsx extension instead of .asc.
    [f, baseFileNameNoExt, ext] = fileparts(inputFileName);
    outputFileName = fullfile(f, [baseFileNameNoExt, '.xlsx']);
    % Remainder of your code follows.
    % etc.
    % Exporto los datos a formato excel
    fprintf('%s\n', outputFileName);
    writetable(Tabla, outputFileName, 'Sheet',1, 'Range','A1');
end
fprintf('Done running %s.m ...\n', mfilename);

[Image Analyst]

Alberto, I did this with your actual data files and it worked perfectly. I think you didn't incorporate my code correctly, especially when sending the input file name into importdata():

clear all
clc

archivos = dir('*.asc'); %list with .asc files
for k=1:length(archivos) %loop
	fprintf('\nProcessing file #%d of %d...\n', k, length(archivos));
	inputFileName = fullfile(archivos(k).folder, archivos(k).name);
	% Output filename is the same except for a .xlsx extension instead of .asc.
	outputFileName = strrep(lower(inputFileName), '.asc', '.xlsx');
	
	%import and select data
	estructura_datos=importdata(inputFileName);
	datos=estructura_datos.data;
	
	%sort by increasing depth
	ordenado_por_profundidad=sortrows(datos,1);
	
	%locate and delete outliers
	posicion_datos_erroneos=find(ordenado_por_profundidad(:,19)==-9.990e-29); %localiza flags erróneos
	ordenado_por_profundidad(posicion_datos_erroneos,:)=[]; %elimina filas donde hay flag erróneo
	
	%locate and delete depth < 1m
	posicion_menor_1m=find(ordenado_por_profundidad(:,1)<1); %localiza posiciones <1m
	ordenado_por_profundidad(posicion_menor_1m,:)=[]; % elimina filas con profundidades <1 m
	
	%change salinity columns and delete the non-corrected ones
	ordenado_por_profundidad(:,[3 4 17 18])=ordenado_por_profundidad(:,[17 18 3 4]); %corrijo la salinidad
	ordenado_por_profundidad(:,[13:15 17 18 19])=[]; %elimino columnas que no me interesan
	
	%create a table
	Profundidad = ordenado_por_profundidad(:,1);
	Temperatura = ordenado_por_profundidad(:,2);
	Salinidad = ordenado_por_profundidad(:,3);
	Sigma = ordenado_por_profundidad(:,4);
	Clorofila = ordenado_por_profundidad(:,5);
	Turbidez = ordenado_por_profundidad(:,6);
	Ox = ordenado_por_profundidad(:,7);
	Ox2 = ordenado_por_profundidad(:,8);
	Cloi = ordenado_por_profundidad(:,9);
	Par = ordenado_por_profundidad(:,10);
	Ph = ordenado_por_profundidad(:,11);
	Carb = ordenado_por_profundidad(:,12);
	Tiempo = ordenado_por_profundidad(:,13);
	Tabla=table(Profundidad,Temperatura,Salinidad,Sigma,Clorofila,Turbidez,Ox,Ox2,Cloi,Par,Ph,Carb,Tiempo);
	
	% etc.
	%exporto los datos a formato excel
	fprintf('Input File : %s\nOutput File : %s\n', inputFileName, outputFileName);
	writetable(Tabla, outputFileName, 'Sheet',1, 'Range','A1');
end

[Alberto Martínez]

Thank you so much!

You're right and I don't hesitate about it.

I'm sorry but I'm trying to resume Matlab after a few years and I'm a little bit rusty. I'll keep learning because I want to improve.

Thanks a lot!

Take care!

Answer 2

[Alberto Martínez]

Dear all,

thank you very much for your answers! I'm sorry but I forgot to attach sample files. I do it now.

My script works well, but the only thing that I want to improve is exporting the .asc file to an .xls file with exactly the same name as the original .asc file.

I tried with the code from Image Analyst (thank you very much ;)) but I'm afraid I make some mistake.

Now you can find my original code with 2 sample files.

Thank you very much to all of you!

Kind regards

close all
clear
clc
archivos=ls('*.asc'); %list with the .asc files

for i=1:length(archivos(:,1)) %bloop
    
%import and select data
estructura_datos=importdata(archivos(i,:));
datos=estructura_datos.data;

%sort by increasing depth
ordenado_por_profundidad=sortrows(datos,1);

%locate and erase outliers
posicion_datos_erroneos=find(ordenado_por_profundidad(:,19)==-9.990e-29); %localiza flags erróneos
ordenado_por_profundidad(posicion_datos_erroneos,:)=[]; %elimina filas donde hay flag erróneo

%locate and erase depth <1 m
posicion_menor_1m=find(ordenado_por_profundidad(:,1)<1); %localiza posiciones <1m
ordenado_por_profundidad(posicion_menor_1m,:)=[]; % elimina filas con profundidades <1 m

%change columns and erase the columns that I don't need
ordenado_por_profundidad(:,[3 4 17 18])=ordenado_por_profundidad(:,[17 18 3 4]); %corrijo la salinidad
ordenado_por_profundidad(:,[13:15 17 18 19])=[]; %elimino columnas que no me interesan

%create a table
Profundidad = ordenado_por_profundidad(:,1);
Temperatura = ordenado_por_profundidad(:,2);
Salinidad = ordenado_por_profundidad(:,3);
Sigma = ordenado_por_profundidad(:,4);
Clorofila = ordenado_por_profundidad(:,5);
Turbidez = ordenado_por_profundidad(:,6);
Ox = ordenado_por_profundidad(:,7);
Ox2 = ordenado_por_profundidad(:,8);
Cloi = ordenado_por_profundidad(:,9);
Par = ordenado_por_profundidad(:,10);
Ph = ordenado_por_profundidad(:,11);
Carb = ordenado_por_profundidad(:,12);
Tiempo = ordenado_por_profundidad(:,13);
Tabla=table(Profundidad,Temperatura,Salinidad,Sigma,Clorofila,Turbidez,Ox,Ox2,Cloi,Par,Ph,Carb,Tiempo);

%export to excel (I WANT THE SAME NAME AS .asc ORIGINAL)
writetable(Tabla,['6969_2020_11_23_' num2str(i) '.xlsx'],'Sheet',1,'Range','A1');

end

[Image Analyst]

My code correctly constructs the filename. I tested it. What did you do wrong? You forgot to attach your code after you incorporated my code into it. Please do so, so I can fix it.