こちら のドキュメントにも記述がありますが、Simulinkにおいても 3次元以上の多次元配列を取り扱うことができます。 (Simulinkでの上限は 32次元となります)
同じドキュメント内に「多次元信号をサポートするSimulinkブロック」のサポート状況を確認する方法もありますので、併せて参照ください。
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