plot 関数での描画の場合、マーカーを塗りつぶすオプションは提供されていません。
代替案としては、表示されている Line オブジェクトの Color プロパティを取得し、その値を MakerFaceColor プロパティに設定する方法が考えられます。
なお、Line ラインオブジェクトのハンドルが1つの変数に纏められているのであれば、以下のような中かっこ{}表記を使うことで、一度に設定することも可能です。
x = 1:4;
y = rand(4);
figure
h = plot(x, y, 'o');
set(h, {'MarkerFaceColor'}, get(h,'Color'));
また、各点を直線で結ばず、散布図として描画されるのであれば、scatter 関数の filled オプションを利用することができます。
x = 1:4;
y = rand(4);
figure
hold
for n = 1:4
scatter(x,y(:,n),'filled')
end