Why can´t I binarization left lung?

Dear all,

I have code for segmentation parts of image. And I would like to binarization left lung, but I don´t know, why this code isn´t working. This is my code:

    fontSize = 15;
    baseFileName = '110.jpg'; 
    % baseFileName = 'thorax-mdl.jpg'; 
    folder = pwd
    fullFileName = fullfile(folder, baseFileName);

    % Načtení obrazu.
    grayImage = imread(fullFileName);
    grayImage_pater = imread (fullFileName);

    % Dimenze obrazu. 
    % ***
    [rows, columns, numberOfColorChannels] = size(grayImage);
    if numberOfColorChannels > 1
      % Máme barevný obraz, musíme ho převést na černobílý = vybereme zelený kanál
      grayImage = grayImage(:, :, 2); % zelený kanál
    end
    eq_grayImage = histeq(grayImage);%ekvalizace pomocí histogramu obrazu
    [rows, columns, numberOfColorChannels] = size(grayImage_pater);
    if numberOfColorChannels > 1
      % Máme barevný obraz, musíme ho převést na černobílý = vybereme zelený kanál
      grayImage_pater = grayImage_pater(:, :, 2); % zelený kanál
         %grayImage_pater(425:end, :) = 0;
    end
    eq_grayImage_pater = histeq(grayImage_pater);%ekvalizace pomocí histogramu obrazu

    % Zobrazení obrazu.
    figure(1)
    imshow(grayImage, []);
    axis on;
    caption = sprintf('Originální černobílý obraz, %s', baseFileName);
    title(caption, 'FontSize', fontSize, 'Interpreter', 'None');
    drawnow;
    hp = impixelinfo();

    % Nastavení obrazu.
    % Zvětšení obrazu na celou obrazovku.
    set(gcf, 'Units', 'Normalized', 'OuterPosition', [0 0 1 1]);
    % Odstranění panelu nástrojů a rozbalovacího menu.
    set(gcf, 'Toolbar', 'none', 'Menu', 'none');
    % Přidání titulku okna.
    set(gcf, 'Name', 'Segmentace', 'NumberTitle', 'Off') 

    thresholdValue = 120;
    binaryImage = grayImage < thresholdValue;
    % Odstranění okolí.
    binaryImage = imclearborder(binaryImage);
    % Vyplnění otvorů.
    binaryImage = imfill(binaryImage, 'holes');
    labeledImage = bwlabel(binaryImage);
    rightLung = ismember(labeledImage, 1);
    leftLung = ismember(labeledImage, 2);

    %Roztažení binárního obrazu pro přesnější segmentaci
    se = strel('line',5,100);
    rightLung= imdilate(rightLung,se);

    %Roztažení binárního obrazu pro přesnější segmentaci
    se = strel('line',5,100);
    leftLung= imdilate(leftLung,se);

    subplot (2, 3, 3)
    imshow(binaryImage, []);
    axis on;
    caption = sprintf('Binární obraz plic');
    title(caption, 'FontSize', fontSize, 'Interpreter', 'None');
    labeledImage = bwlabel(binaryImage);
    rightLung = ismember(labeledImage, 1);
    leftLung = ismember(labeledImage, 2);

    subplot (2, 3, 4)
    imshow(leftLung, []);
    axis on;
    caption = sprintf('Binární obraz levé plíce');
    title(caption, 'FontSize', fontSize, 'Interpreter', 'None');
    subplot (2, 3, 5)
    imshow(rightLung, []);
    axis on;
    caption = sprintf('Binární obraz pravé plíce');
    title(caption, 'FontSize', fontSize, 'Interpreter', 'None');

Can you advise me? Thank you for your answers.

Answer 1

[John BG]

Veronika

this is John BG ( <mailto:[e-mail] [e-mail]> )

to remove the MATLAB syntax errors, ignoring the image segmentation itself, I have simplified filenames and file paths.

May be you'd want to consider changing MATLAB to the folder where the image is,

cd('filepath1')

process image ..

cd('filepath2')

then your code runs ok, from the syntax point of view.

You also missed defining fontSize

The image I used as test doesn't really matter, or do you now want to further ask regarding the image processing?

try the following:

   grayImage = imread('affine_im2.jpg');
    grayImage_pater = imread ('affine_im2.jpg');
    baseFileName='baseFileName';
      % Dimenze obrazu. 
      % ***
      [rows, columns, numberOfColorChannels] = size(grayImage);
      if numberOfColorChannels > 1
        % Máme barevný obraz, musíme ho převést na černobílý = vybereme zelený kanál
        grayImage = grayImage(:, :, 2); % zelený kanál
      end
      eq_grayImage = histeq(grayImage);%ekvalizace pomocí histogramu obrazu
      [rows, columns, numberOfColorChannels] = size(grayImage_pater);
      if numberOfColorChannels > 1
        % Máme barevný obraz, musíme ho převést na černobílý = vybereme zelený kanál
        grayImage_pater = grayImage_pater(:, :, 2); % zelený kanál
           %grayImage_pater(425:end, :) = 0;
      end
      eq_grayImage_pater = histeq(grayImage_pater);%ekvalizace pomocí histogramu obrazu
      % Zobrazení obrazu.
      figure(1)
      imshow(grayImage, []);
      axis on;
      caption = sprintf('Originální černobílý obraz, %s', baseFileName);
      fontSize=12
      title(caption, 'FontSize', fontSize, 'Interpreter', 'None');
      drawnow;
      hp = impixelinfo();
      % Nastavení obrazu.
      % Zvětšení obrazu na celou obrazovku.
      set(gcf, 'Units', 'Normalized', 'OuterPosition', [0 0 1 1]);
      % Odstranění panelu nástrojů a rozbalovacího menu.
      set(gcf, 'Toolbar', 'none', 'Menu', 'none');
      % Přidání titulku okna.
      set(gcf, 'Name', 'Segmentace', 'NumberTitle', 'Off') 
      thresholdValue = 120;
      binaryImage = grayImage < thresholdValue;
      % Odstranění okolí.
      binaryImage = imclearborder(binaryImage);
      % Vyplnění otvorů.
      binaryImage = imfill(binaryImage, 'holes');
      labeledImage = bwlabel(binaryImage);
      rightLung = ismember(labeledImage, 1);
      leftLung = ismember(labeledImage, 2);
      %Roztažení binárního obrazu pro přesnější segmentaci
      se = strel('line',5,100);
      rightLung= imdilate(rightLung,se);
      %Roztažení binárního obrazu pro přesnější segmentaci
      se = strel('line',5,100);
      leftLung= imdilate(leftLung,se);
      subplot (2, 3, 3)
      imshow(binaryImage, []);
      axis on;
      caption = sprintf('Binární obraz plic');
      title(caption, 'FontSize', fontSize, 'Interpreter', 'None');
      labeledImage = bwlabel(binaryImage);
      rightLung = ismember(labeledImage, 1);
      leftLung = ismember(labeledImage, 2);
      subplot (2, 3, 4)
      imshow(leftLung, []);
      axis on;
      caption = sprintf('Binární obraz levé plíce');
      title(caption, 'FontSize', fontSize, 'Interpreter', 'None');
      subplot (2, 3, 5)
      imshow(rightLung, []);
      axis on;
      caption = sprintf('Binární obraz pravé plíce');
      title(caption, 'FontSize', fontSize, 'Interpreter', 'None');

if you find this answer useful would you please be so kind to mark my answer as Accepted Answer?

To any other reader, please if you find this answer

please click on the thumbs-up vote link

thanks in advance

John BG

<mailto:[e-mail] [e-mail]>

[Veronika]

I forget attached the original image, now it´s okay.