I am trying to assign a pattern of alphabets to a sequence of alphabets that I have.

seq_file = fopen('insulinDNAseq.txt');
template5_3 = fscanf(seq_file,'%s');
seq_len = length(template5_3);
template3_5 = [flip(template5_3)];

A = {'a' 't'
    'c' 'g'
    'g' 'c'
    't' 'a'};

I am supposed to modify the code below in order to get a stand of alphabets of a,c,g,t. On the process above, I import a document of a sequence of alphabets and flip it front a back. I need to modify the code below in order to assign a new alphabet and come up with a new strand according to the pattern A shown above. I am attaching the text file with the question.

for i = 1:seq_len
    template_base = template3_5(i); % pull the ith base of the template strand
    row_A = strcmp(template_base,A(:,1)); % identify the row in matrix A corresponding to templateBase; note that the variable row_A is a boolean vector
    % Define the base added to the synthesized strand using matrix 'A' and
    % vector 'row_A'
    synth_base = [row_A];
    % Store synth_base in the ith element of your storage vector. You'll
    % need to use the command 'char' to store the character properly.
    [];
end

Answer 1

[VBBV]

seq_file = fopen('insulinDNAseq.txt');
template5_3 = fscanf(seq_file,'%s');
seq_len = length(template5_3);
template3_5 = [flip(template5_3)];

A = {'a' 't'
     'c' 'g'
     'g' 'c'
     't' 'a'};
for i = 1:seq_len
    for k = 1:size(A,2)
    template_base = template3_5(i); % pull the ith base of the template strand
    row_A = strcmp(template_base,A(:,k)); % identify the row in matrix A corresponding to templateBase; note that the variable row_A is a boolean vector
    % Define the base added to the synthesized strand using matrix 'A' and
    % vector 'row_A'
    synth_base{i} = A{[row_A]};
    % Store synth_base in the ith element of your storage vector. You'll
    % need to use the command 'char' to store the character properly.
    [];
    end 
end
synth_base{:}

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'a'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 't'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'a'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 't'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'a'

ans = 't'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 't'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 't'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'a'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'a'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'a'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 't'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'a'

ans = 'a'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'a'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'a'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'a'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'a'

ans = 'a'

ans = 'c'

ans = 'g'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 't'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 't'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'a'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'a'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'a'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 't'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'a'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'g'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 't'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'a'

ans = 'a'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'a'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 't'

ans = 'a'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 't'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'a'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'a'

ans = 'a'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'a'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'a'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'a'

ans = 'c'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'g'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'a'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'g'

ans = 'a'

ans = 'a'

ans = 't'

ans = 'a'

ans = 'a'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 't'

ans = 't'

ans = 'g'

ans = 'a'

ans = 'a'

ans = 'c'

ans = 'c'

ans = 'a'

ans = 'g'

ans = 'c'

[SANGBIN LEE]

is there a way for me to display all the sequence of alphabets in a single strand of alphabets

[VBBV]

seq_file = fopen('insulinDNAseq.txt');
template5_3 = fscanf(seq_file,'%s');
seq_len = length(template5_3);
template3_5 = [flip(template5_3)];

A = {'a' 't'
     'c' 'g'
     'g' 'c'
     't' 'a'};
for i = 1:seq_len
    for k = 1:size(A,2)
    template_base = template3_5(i); % pull the ith base of the template strand
    row_A = strcmp(template_base,A(:,k)); % identify the row in matrix A corresponding to templateBase; note that the variable row_A is a boolean vector
    % Define the base added to the synthesized strand using matrix 'A' and
    % vector 'row_A'
    synth_base(i) = A{[row_A]};
    % Store synth_base in the ith element of your storage vector. You'll
    % need to use the command 'char' to store the character properly.
    [];
    end 
end
disp(synth_base) %

agccctccaggacaggctgcatcagaagaggccatcaagcagatcactgtccttctgccatggccctgtggatgcgcctcctgcccctgctggcgctgctggccctctggggacctgacccagccgcagcctttgtgaaccaacacctgtgcggctcacacctggtggaagctctctacctagtgtgcggggaacgaggcttcttctacacacccaagacccgccgggaggcagaggacctgcaggtggggcaggtggagctgggcgggggccctggtgcaggcagcctgcagcccttggccctggaggggtccctgcagaagcgtggcattgtggaacaatgctgtaccagcatctgctccctctaccagctggagaactactgcaactagacgcagcccgcaggcagccccacacccgccgcctcctgcaccgagagagatggaataaagcccttgaaccagc

Answer 2

[Voss]

seq_file = fopen('insulinDNAseq.txt');
template5_3 = fscanf(seq_file,'%s');
fclose(seq_file); % close the file when you're done reading it!!!
template3_5 = flip(template5_3);

A = {'a' 't'
     'c' 'g'
     'g' 'c'
     't' 'a'};

[ism,idx] = ismember(template3_5,[A{:,1}]);
assert(all(ism),'Not all characters are a, c, g, or t')
synth_base = [A{idx,2}];

disp(synth_base)

agccctccaggacaggctgcatcagaagaggccatcaagcagatcactgtccttctgccatggccctgtggatgcgcctcctgcccctgctggcgctgctggccctctggggacctgacccagccgcagcctttgtgaaccaacacctgtgcggctcacacctggtggaagctctctacctagtgtgcggggaacgaggcttcttctacacacccaagacccgccgggaggcagaggacctgcaggtggggcaggtggagctgggcgggggccctggtgcaggcagcctgcagcccttggccctggaggggtccctgcagaagcgtggcattgtggaacaatgctgtaccagcatctgctccctctaccagctggagaactactgcaactagacgcagcccgcaggcagccccacacccgccgcctcctgcaccgagagagatggaataaagcccttgaaccagc