通常、カラーマップは1つのFigureに対して1つしか設定できませんが、Image Processing Toolboxをお持ちであれば、subimage関数を利用して、異なるカラーマップで画像を表示することができます。
subimage関数は各イメージ(インデックス付きイメージ、強度イメージ、バイナリイメージ)をRGBイメージに変換します。
以下にsubimage関数の使用例を挙げます。
load clown
% 別カラーマップの作成
map2 = gray(64);
subplot(1,2,1)
subimage(X,map)
subplot(1,2,2)
subimage(X,map2)