結論：直接的な対策方法がありません。Windowsのシステムサウンド設定で間接的に対策するのは如何でしょうか？
詳細：興味を持って調べてみましたが、質問内容に対しMATLABの設定で直接対策する方法は無いようです。同一の質問でも解決に至っていません。beep offで無効にできる警告音はMATLABのエラーだけです。エディタが文法の指摘をする時（括弧数の不一致や無効な区切り文字)に音を出す機能を無効にする設定はありますが、質問内容のイベント発生時の警告音を無効にする設定項目は見つかっていません。
Windows10のシステムサウンド設定で同じ音(ポロローン:windows background.wav)が鳴るプログラムイベントには「システム通知」「バッテリ低下アラーム」「メッセージ(情報)」「メッセージ(警告)」「一般の警告音」があります。また「警告」の類のプログラムイベントには「一般の警告音」「メッセージ(警告)」「バッテリ切れアラーム」「バッテリ低下アラーム」などがあります。
MATLABのコマンドウィンドウやエディタで、削除する文字が無いのにbackspaceやdeleteキーを押した時に発生するwindowsのプログラムイベントは「一般の警告音」でした。これを無効にすれば、当然他のアプリやWindowsで「一般の警告音」を鳴らすプログラムイベントが発生した時に音が鳴らなくなりますが、無効(無音)にしたり、例の「ポロロン」以外の音に変えてみるなど試してみては如何でしょうか？
