エラーも確認しましたが,残念ながらエラーメッセージには解決策が見いだすほどの情報がなさそうです.R2015a にて,元モデルから S-Function を生成して実行したということですが,生成した S-Function と内部エラーは関係ありそうでしょうか.S-Function を生成せずにモデルが実行できるようであれば,S-Function 生成が関係しそうか否か切り分けていくことで,問題の箇所を特定していくことをお勧めします.
なお,R2015a の場合も,拡張子は .mdl でも動作しますので,最小限の変更でどの段階まで動作するかなど,見ていただくとよいかと思います.