こんにちは、単に切り出すというだけであれば下のようにすれば可能です。
pauseは見やすくするために書いているので不要です。
またランダムに回転させたり色を変化させたりしながら切り出したかったらこちらをご参照ください。

A = imread('onion.png');
%imshow(A)
targetSize = [96 96];
figure;
for i=1:10
wini = randomCropWindow2d(size(A),targetSize);
Bi = imcrop(A,wini);
imshow(Bi)
pause(.3)
filename=['image1_',num2str(i),'.png'];
imwrite(Bi,filename)
end