入れ子関数とはこのようなものですが
そのことについて聞かれているのでしょうか?上のコードからどう入れ子関数に関係しているのかいまいちわかりません。最終的にやろうとしていることは何ですか?見る限り現在のフォルダー内のJPGファイルをすべて読み込んだようですが、その後それぞれの画像を200x200の画像に分割したい、という事でしょうか。
もしそうだとしたら、入れ子関数は必要なく、普通に for ループを使えば良いと思います。
for k = 1:numfiles
fun=@(bs) imwrite(bs.data,...
['./', int2str(k), '_', int2str(bs.location(1)), '_', int2str(bs.location(2)), '.jpg']);
blockproc(mydata{k},[200 200] , fun);
end