ご質問の意図を、「一つのプログラムを一回実行し、この中でループを使って複数の画像ファイルを取得したい」と解釈しました。
dirコマンドを使うことで、複数のファイルの情報を取得できます。例えば
mylist = dir('*.m')
n = size(mylist,1)
for i = 1:n
fname = mylist(i).name
end
とすると、現在のフィルダ内にある全てのmファイルのファイル名を得ることができます。 後は指定したいフォルダ名と組み合わせて'*fd.4km.bin'をdirコマンドで指定すればできそうです。試して見てください。