<STF>_make_rtw_hook.m を編集することで可能です。
※ <STF> は、ert 等のSystem Target File名です。
Embedded Coderの ert.tlc を利用している場合であれば、ert_make_rtw_hook.m を編集します。
オリジナルを別名で保存しておいて、edit ert_make_rtw_hook を実行してください。
中に、以下のような記述があります。
switch hookMethod
...
case 'entry'
***
entry がビルド時の最初に処理される部分ですので、*** の部分に何らかのプログラムを追記してください。
STF_make_rtw_hookに関しては、下記URL先をご参照願います。
・STF_make_rtw_hook ファイルによるビルド プロセスのカスタマイズ